أنشئت كلية الطب البيطري عام 2000في حرم الجامعة – طولكرم / خضوري ، استجابة الى حاجة وطنية لتحسين صحة الحيوان و زيادة القدرة الإنتاجية من خلال زيادة أعداد الحيوانات، و الحد من تكاليف الإنتاج . هذه الكلية و هي الاولى في فلسطين تأمل في تقديم مساهمة كبيرة في تحسين الدخل القومي ، و توفير الأمن الغذائي ، و الحفاظ على الصحة العامة . و تضم الكلية عددا من المرافق و المختبرات و العيادات و المراكز و الوحدات الطبية و العيادة البيطرية الاستشارية . و تستخدم هذه التسهيلات لتوفير التدريب لطلبة الجامعات و الأطباء البيطريين في القطاعين الخاص و العام . و تعمل الكلية على تقديم الخدمات و الاستشارات للمؤسسات و المزارع المختلفة و المتعلقة بصحة الحيوان.

عام 2013 ووفق الخطة الاستراتيجية للجامعة  تم دمج كلية الزراعة و كلية الطب البيطري لتصبح كلية الزراعة و الطب البيطري.