تم إنشاء برنامج ماجستير الإنتاج الحيواني في العام الأكاديمي 2004/2005 نظراً لعدم وجود برامج دراسات عليا لهذا التخصص على مستوى الوطن وبهدف تزويد السوق المحلي بالكفاءات العلمية المؤهلة أكاديمياً وفي مجال البحث العلمي بحيث يكون لها دور فاعل في تطوير قطاع الإنتاج الحيواني وإدارة المؤسسات العاملة فيه.
ويقوم بالتدريس في هذا البرنامج عدد من الكفاءات العلمية من حملة الدكتوراه في تخصصات مختلفة من أعضاء الهيئة التدريسية في قسم الإنتاج الحيواني وفي كلية الطب البيطري ويتم استغلال البنية التحتية في كليتي الزراعة والطب البيطري من مزارع ومختبرات في إجراء الأبحاث العلمية.
ومنذ إنشاء البرنامج تم تخريج عدد من الطلبة من حملة الماجستير وهم يعملون في مواقع ومؤسسات مختلفة داخل الوطن وخارجه.