تتمحور رسالة البرنامج إلى توفير بيئة تعليمية نوعية تتواكب مع التطورات العملية المتسارعة بما يخدم المجتمع الفلسطيني،و يعتبر قطاع الإنتاج النباتي جزء من الحقول المعرفية المتطورة و التي تعتبر من أهم قطاعات الإنتاج الزراعي في فلسطين.تنبثق فلسفة و أهداف البرنامج من فلسفة و أهداف الكلية و الجامعة و مؤسسات التعليم العالي في فلسطين و التي تحدد معايير التعليم العالي في فلسطين.
يهدف البرنامج إلى توفير مناخ بحثي مستخدماً الإمكانيات المتاحة في الجامعة و كذلك بالتعاون و المشاركة مع المؤسسات البحثية في الداخل و الخارج و ذلك من أجل سد إحتياجات المجتمع الفلسطيني بتوفير كفاءات في مجال الإنتاج النباتي و نقل التكنولوجيا المتاحة من خلال تدريب الموارد البشرية و ذلك من أجل الوصول إلى مستوى أكاديمي و بحثي يتماشى مع التدفق المعلوماتي و التطور التكنولوجي لخدمة قطاع الإنتاج النباتي مع الأخذ بعين الإعتبار محدودية الأرض و المياه و ذلك من خلال الكفاءات المتوفرة في الجامعة.